Quizá el primer problema importante con que se enfrentaron los antiguos geólogos fue el origen de las rocas. Ello suscitó una gran controversia entre los científicos, divididos en dos tendencias. Uno de los grupos, encabezado por Werner (1749-1817), opinaba que las rocas se habían formado a partir de los primitivos materiales de la corteza, por erosión, transporte y depósito de los mismos en el mar; la única excepción serían los productos volcánicos y los pocos restos que aún quedaban de los materiales más antiguos. Como todo el proceso de formación de las rocas estaría condicionado por el agua, los seguidores de estas ideas recibieron el nombre de neptunistas, en honor de Neptuno (dios del mar).
Por el contrario otros geólogos, entre los que destaca Hutton (1726-1797), creían que aunque unas rocas se originaban en superficie por sedimentación, otras muchas rocas se habían originado en el interior de la Tierra, a partir de magmas o de rocas preexistentes previamente hundidas. Los partidiaros de esta corriente fueron llamados plutonistas, en honor de Plutón (dios de las profundidades).
Como Werner era el geólogo de mayor prestigio en su tiempo, las ideas de Hutton tardaron muchos años en imponerse, con lo que se retrasó el progreso de los conocimientos geológicos. Finalmente, con el triunfo de los plutonistas, las rocas quedaron clasificadas en tres grandes grupos: sedimentarias, ígneas y metamórficas.
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